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La Chiesa, era sorta, contemporaneamente a quella principale, come Pieve extra urbana di Pietralunga. Nei primi anni del ‘500, per un fatto miracoloso – la Madonna era apparsa ad alcune fanciulle e ad alcune monache del Convento benedettino di Santa Maria del Ponte o delle Soraccia – divenne un centro di intensa devozione mariana e nel XVII secolo, ampliata ed abbellita, assunse le caratteristiche architettoniche odierne. Secondo la tradizione sacra si ritiene che vi abbia pernottato San Francesco, durante i suoi frequenti pellegrinaggi da Assisi, a Gubbio a alla Verna.